[ワンタイムパスワードの設定]画面で[登録]ボタンをクリックもしくはタップし、[ワンタイムパスワード認証の設定が完了しました]と表示されましたか。
[登録]ボタンが操作されるまで多要素認証の設定が完了しないため、もし、[登録]ボタンが未操作だった場合は、一度認証アプリのアカウント情報を削除し、再度多要素認証の有効化をお願いします。
また、ワンタイムパスワードで認証する際に「このブラウザを信頼する」チェックボックスをチェックしてサインインすると、同一端末・ブラウザでは30日間ワンタイムパスワードの入力を要求されなくなります。